Un digimon nommé Mesphimon attaque Omnimon qui est le garde de l'accés du digimon vers le monde réel. Takato part chez son cousin sur l’île d’Okinawa. Henry part aussi sur l’île mais pour un météore. Mais là-bas comme partout des digimon apparaissent, un digimon requin serpent attaque une jeune fille qui est la fille du créateur des v-pet’s : Uehara Minami puis après un repas exister avec Guilmon et Calumon. Ils vont se coucher. Minami fait un cauchemar sur son passé: où l’on voit un chien tenter de la sauver et le chien se noïe enfin je crois. Dans Tokyo, un digimon apparaît, c’est un Pteramon. Renamon et Rika vont le combattre et Renamon le détruit avec la card slash Battle tomahawok. Le digipartenaire de Rika dit apparait avoir absorbé les donner que se digimon était différent. Sur l’île, Henry est appelé par son père. Pendant la nuit Takato et les autres sont attaqué par un Scorpiomon. Takato utilise la card slash aero-wind. Pendant ce temps, le cousin de Takato et Minami sont attaqué par un Divermon qui attrape la jeune fille et un digimon chien attaque le Divermon et le détruit. Il semble connaitre la jeune fille car il prononce son nom mais elle est capturer par un digimon raimenta. Calumon part chercher Henry et Rika. De leur côté sont attaque, Rika par un Bluemeramon et Henry par un Dragomon (je crois). Les deux digimon se font battre alors Calumon les fait digivolver en Kyubimon et en Gargomon et ils arrivent a battre leurs adversaires et sont ensuite appeler par Omnimon qui leur explique le problème de Mesphimon, que tout les v-pet’s sont des virus informatique destiner a permet au digimon de rentrer et de sortir comme ils veulent du digimonde. Plus tard le deux jeunes hommes et les digimon partent sur une barque et font vers une île où est une grotte. Guilmon dit que le digimon chien se nomme Shiisamon comme le dieu chien qui protège l’île d’Okinawa. En entrant ils sont attaqué par la Raimenta : alors Guilmon se digivolve en Grollmon et détruit le digimon puis il arrive a rentrer a l’intérieur, un Ponchomon et quatre autres digimon tiennent en otage la fillette et veulent obliger son père et le présidente des laboratoires VP a donné l’endroit où est cacher l’antivirus contre les v-pet mais Shiisamon détecte où est Minami et détruit a lui tout seul trois digimon et Grollmon détruit le chef avec la même technique que la Raimenta puis s’échappe vers l’extérieur pour éviter de se noyer car l’eau monte. Puis le père de la jeune fille explique ce qu’est le logicielle digimon, l’antivirus. Mais l’homme qui était avec le père est en faites Mesphimon qui veux détruire l’homme avec la technologie et il attaque Shiisamon qui est l’antivirus, qui régresse et se fait capturer par Mesphimon mais arrive Rika et Henry par une porte digital et il attaque Mesphimon avec l‘aide de leur digimon mais celui-ci esquive chacune des attaques et les téléporte dans un monde virtuel, qu’il dit a l’image de l’apocalypse. Après plusieurs attaque raté il attaque un bateau qui tombe, là il pense s'être débarrassait de Mesphimon, Shiisamon donne sa vie pour protéger Minami lors de l'explosion la protège et quand elle hurle son nom, elle active l’antivirus et détruit tout les v-pet’s et alors Mesphimon se digivolve en Gustmon et attaque les trois digimon champion et Calumon les voyant inerte les aide a se digivolver en ultime : Rapidmon, Taomon et Wargrollmon. Finalement, ils utilisent l’attaque Trinity bust pour détruit Gustmon puis tout le monde remonte à la surface et vous avez le droit a un super générique de fin.